- Отдел финансово-экономического и информационного обеспечения
- Отдел правового, кадрового и документационного обеспечения
- Управление финансового контроля и аналитики
- Управление административно-контрольной деятельности
- Отдел финансового контроля и надзора в органах государственного (муниципального) управления и социальной сферы
- Отдел финансового контроля и надзора в сфере экономики, строительства и капитальных вложений
- Отдел контроля в сфере закупок